Era 1999 quando uma gigantesca nave de guerra extraterrestre caiu na Terra e trouxe tecnologia avançada que levou ao início da guerra entre a ONU e a Anti-ONU. Oito anos se passaram e vários pilotos veteranos foram perdidos, um após o outro, e vários adolescentes foram levados ao campo de batalha para lutar a guerra. Shin Kudou, um jovem piloto de um F-14 da ONU e protagonista desta história, é atingido por uma nave inimiga desconhecida (VF-0) durante uma missão solo e caiu em uma ilha remota, a Ilha de Maia, onde a tecnologia é quase inexistente, enquanto permanece no local para curar seus ferimentos. Coincidentemente, uma reação elétrica incomum foi detectada na ilha e esta reação elétrica poderia vir de um dispositivo de tecnologia avançada da Protocultura que foi trazida por extraterrestres nos tempos antigos. Esta tecnologia é muito parecida com a da nave de guerra extraterrestre de oito anos atrás. Agora, ONU e Anti-ONU estão invadindo a ilha em uma jornada para recuperar o dispositivo e a tecnologia avançada que ele possui.
